Comptant sur la conduite du Saint Esprit, le synode national est l’organe souverain du gouvernement de l’E.E.A.M. Il examine et discute toutes les questions spirituelles, financières et matérielles qui défendent les intérêts de l’E.E.A.M. et en décide souverainement. Ainsi, Commission Exécutive de l’E.E.A.M. représente spirituellement et matériellement le Synode dans l’intervalle de ses sessions. Chaque année, elle rend compte de sa gestion devant le Synode.

Elle est composée de 14 membres votants, dont 7 laïques et 7 pasteurs, et de 8 autres membres qui en sont des invités permanents.

Conformément à l’art. 6 des statuts, la CE veille au respect et à l’observation des statuts, du règlement intérieur et de la Déclaration de Foi de l’Eglise. Le cas échéant, elle est habilitée à invalider toute décision prise par une autre instance de l’E.E.A.M et qui serait en contradiction avec les textes cités ci-dessus et à prendre toute mesure disciplinaire, de suspension ou d’exclusion, temporaire ou définitive, d’un membre, d’un conseil, d’une commission ou d’un comité directeur.